天然黃水晶極為稀少。市場上流通的大多數，是紫水晶經過攝氏三百度左右的加熱處理，讓鐵離子氧化後轉變為黃色的產物。同一顆石頭，同樣的成分，只是顏色被改寫了。

天然品產自巴西、馬達加斯加和西班牙。尤其西班牙薩拉曼卡近郊，從中世紀開始便持續開採。名字來自法語的「citron」（檸檬），但天然黃水晶的色調比檸檬安靜得多，更接近蜂蜜透光時的顏色。

中世紀歐洲的商人，把這塊石頭放在金庫裡當作護符。天然與加熱，礦物本質上沒有差別。有差別的，始終是人類的價值判斷。